Reside en Ciudad de Panamá desde 1998, adonde llega inicialmente con una promesa de contrato por un mes con la compañía Copa Airlines, que había abierto una oferta para asistir en la modificación de cabinas, cálculo de peso y balance de aeronaves, pues la empresa estaba realizando cambios en sus aviones para introducir la cabina de clase ejecutiva.

Su conocimiento y experiencia adquirida como Director de Capacitación en la empresa Coopesa (Cooperativa de Servicios AeroIndustriales) en Costa Rica, para quienes había laborado durante varios años, le sirven de acicate para atender una solicitud de la misma línea aérea, de elaborar de un curso para formar mecánicos de aviación, el cual estuviese certificado por Aeronáutica Civil de Panamá. Al analizar la situación y tomar en cuenta la falta de personal capacitado para realizar dicha tarea, acepta el reto y es, mediante dicho curso, que lo diseña y pronto se convierte  en Instructor Técnico del mismo. En el marco de esta experiencia docente, asume desafíos varios con los estudiantes, como el de reparar una turbina que al parecer tenía veinticinco años sin funcionar y, cuyos resultados exitosos estuvieron valorados inclusive por la Organización de Aviación Civil Internacional (OACI).

Asimismo, como resultado de la alianza de Copa Airlines con la Universidad Tecnológica de Panamá participa activamente para crear la carrera de aviación. En el año 2008, primero con una sede en Tocumen y, posteriormente en Howard, logra convertir a la Universidad Tecnológica de Panamá en la primera Universidad Técnica Aeronáutica de Latinoamérica, certificada y regulada por Aeronáutica Civil.
Don Santiago Flores, destaca entre sus experiencias exitosas en Panamá, precisamente la certificación de la Escuela de Aviación, por parte de Aeronáutica Civil. Así como que ha acompañado el desarrollo de una empresa como la línea aérea panameña que, a finales de los años novena solo tenía ocho aviones y el día de hoy posee alrededor de cien, de los cuales la mayoría de mecánicos egresados han sido sus estudiantes. Actualmente es Coordinador Técnico de Mantenimiento de Aeronaves en la Universidad Tecnológica de Panamá y está certificado en las Aeronaves Embraer 190 y 737-600, 737-700 y 737-800.

El señor Flores nos comenta una anécdota de sus primeros años en el país.
“Me encontraba dando clases en el edificio de Aeronáutica Civil, era un edificio muy viejo, y a eso de la 1:00 pm comenzó un temblor de magnitud de 3.5. Cuando me di vuelta, de 27 estudiantes, quedaban solo tres alumnos en el salón, los cuales eran de la provincia de Chiriquí, por lo que no sintieron miedo del temblor”. Le parece una historia graciosa, ya que en Panamá capital la población no está “acostumbrada” a percibir movimientos de la tierra y, mientras todos estaban en las afueras del edificio asustados por el sismo, él se encontraba de pie sin saber qué sucedía:  en efecto, quienes permanecieron en el salón fueron el profesor costarricense y los estudiantes chiricanos que sí conviven con la realidad de territorios muy sísmicos, por lo que ese temblor de tierra no les pareció nada fuera de lo común.

Con casi dos décadas de vivir en Panamá, asegura que ha vivido los cambios más importantes y significativos para la evolución del país: el traspaso del Canal, la Ampliación del Canal, las nuevas infraestructuras y edificios modernos y de gran altura, la construcción del Metro, que contribuyen al desarrollo del país.